Le Parc Provincial de l'Aconcagua est doté d'un climat rigoureux, l'altitude de l'écosystème et les rares précipitations donnant une diversité biologique assez simple. Les espèces animales et végétales y montrent de bonnes adaptations à la vie d'altitude, et se concentrent vers les secteurs bas du parc (jusqu'à 4000 mètres). La formation végétale dominante est la steppe de montagne composée d'arbrisseaux bas comme la leña amarilla, la yareta et le cuerno de cabra, et des ronces d'altitude comme le huecú et le coiron. Plus de 60 espèces d'oiseaux sont recensées, les espèces les plus caractéristiques étant le condor et l'aigle mora. On peut croiser de nombreux mammifères comme les souris de montagne, la bécasse et le renard roux. Il existe aussi de grands troupeaux de guanacos, un proche parent du lama, constamment guêtés par le puma, le principal prédateur des Andes ... malheureusement de plus en plus rare. Les lièvres européens sont toujours abondants, mais il s'agit là d'un animal exotique introduit dans la région.

L'Aconcagua est aussi un symbole de par sa rudesse. C'est en raison de son climat qu'il est comparé avec les plus hauts sommets de l'Himalaya. La faible humidité, les pourcentages pauvres en oxygène et les vents forts sont quelques unes des caractéristiques les plus frappantes du climat de cette montagne. Les principales causes des orages et du climat changeant sont les vents humides poussés par l'Anticyclone du Pacifique. Ces vents viennent de l'ouest, traversent la barrière de la Cordillère, se refroidissent et perdent leur humidité sous forme de neige sur les hauts sommets des Andes. L'Aconcagua est régulièrement visité par des tempêtes de vent et de neige, et en raison de son emplacement géographique, est l'objet de violents orages électriques. Les crêtes de la montagne (du secteur Nord-Ouest et la cime) sont des endroits où le tonnerre et les éclairs frappent le plus souvent.

Même avec du beau temps, on enregistre en été des températures de -20° C durant la nuit à une hauteur de 5000 mètres. Au sommet la température normale est de -30° C. Mais quand l'Aconcagua est visité par le mauvais temps et par les courants du Sud, se maintient à Plaza de Mulas une température proche des -18° C, tandis qu'aux camps de hauteur on descend allégrement sous les -25° C.

Lorsque le climat n'est pas aussi rigoureux, il n'est pas rare de rester en short à une altitude de 4200 mètres, et on voit même certains alpinistes tenter l'ascension vêtu d'une simple polaire. Mais il est conseillé d'être toujours préparé afin de se protéger des soudains changements climatiques.

Une des caractéristiques de l'Aconcagua est l'immense champignon qui parfois se forme à l'approche du sommet, témoin de des vents terribles venus de l'ouest. Il est formé d'un amoncellement de nuages qui peut s'observer de la Plaza de Mulas. Révélateur de conditions épouvantables, forts vents et précipitations sur le sommet. S'approcher ou s'introduire dans cette tempête serait à coup sûr mortel, le seul conseil valable étant d'abandonner les hauteurs.